Aus einer alten Urkunde geht hervor, dass Göllnitz 1140 mit seinen jetzigen Ortsteilen kirchlich zu Altkirchen gehörte. Die Kirche in Göllnitz ist vielleicht schon im 13. Jahrhundert gegründet worden. Seit 1528 sind die Pfarrer namentlich in der Chronik aufgeführt.

Aus der Geschichte wissen wir, dass am 16. August 1553 bei einem großen Brand neben vier Gütern auch das Pfarrhaus und der Kirchturm niederbrannten und die Glocken zerschmolzen. 1557 war die Reparatur des Turmes beendet, wie die in einen Stein über den Eingang eingehauene Jahreszahl anzeigt. Im Jahr 1554 brachte der Ort Schwanditz, der bis dahin nach Altkirchen gepfarrt war, aus seiner Kapelle die Glocken als Geschenk in die Göllnitzer Kirche und wurde nach Göllnitz eingepfarrt.

1533 hatten sich schon Zschöpperitz und Kertschütz von Altkirchen gelöst und waren der Kirchgemeinde Göllnitz zugeordnet worden. Seit jener Zeit besteht die Kirchgemeinde Göllnitz in ihrem heutigen Umfang. 1680 wurde der Turm erneuert und 1686 wurde die gesamte Kirche renoviert, zum großen Teil durch Spenden, vorwiegend der Rittergutsbesitzer, aber auch der Bauern und einfachen Gemeindemitglieder.

In der Chronik wird berichtet, dass am 26. Mai 1708, zu Pfingsten, der Blitz in die Kirche einschlug und erhebliche Schäden anrichtete. 1735 wurde eine neue Empore und eine neue Leichenhalle gebaut, 1737 eine Uhr für die Kirche angeschafft. Eine völlige Umgestaltung und Erneuerung der Kirche erfolgte 1795, sie wurde von innen und durch einen Anbau von außen verändert, 1797 wurden dann noch Malerarbeiten ausgeführt. Seit dieser Erneuerung hat die Kirche im Wesentlichen die heutige Gestalt. Im Jahr 2013 konnte durch eine große Kraftanstrengung der Kirchgemeinde und viele Spenden das Kirchendach samt Turm vollständig saniert werden.

Das ehemalige Pfarrhaus steht hinter der Kirche etwas höher als die anderen Häuser des Ortes nach Süden zu. Um das Wohnhaus befand sich früher ein großer Obst- und Gemüsegarten, um den sich Pfarrer Johann Jacob Pflugk, in der Zeit von 1730 bis 1755 durch Anpflanzung edler Obstsorten verdient machte. Als Pomologe bekannt war Ludwig Friedrich August Agricola, geboren am 31. März 1769 zu Göllnitz, Inhaber der Pfarrstelle seit 1814. Er hatte im Pfarrgarten auf einen Baum 370 verschiedene Sorten Äpfel gepfropft, so dass dieser Baum, der 1813 in voller Pracht stand, großes Aufsehen erregte. Viele Fremde, selbst eine Abordnung vom Weimarer Hof kam, um diesen Wunderbaum zu sehen. Der nachfolgende Pfarrer Findeisen, fand um 1860 noch an die 50 Sorten. Erst im Winter 1870/71 ging der Apfelbaum ein.